Jurij Łodygin zadebiutował w barwach Zenita 13 lipca 2013 roku w meczu o Superpuchar Rosji przeciwko CSKA Moskwa, w którym to jednak musiał wyciągać piłkę z siatki aż trzykrotnie. 

Dalsze losy Rosjanina o greckich korzeniach w Zenicie to 164 spotkania (158 w wyjściowym składzie), 71 czystych kont, ale to co wyróżniało go najbardziej, to świetne umiejętności w bronieniu rzutów karnych. We wszystkich oficjalnych meczach Łodygin odbił 6 ,,jedenastek" na 12 możliwych, co daje okrągłe 50% skuteczności obron, nie licząc meczów towarzyskich ani konkursów rzutów karnych.

W niebiesko-biało-błękitnych barwach Jura zdobywał Mistrzostwo Rosji, Puchar Rosji oraz dwukrotnie Superpuchar Rosji. Również dwa razy zajmował pozycję numer 2 na liście najlepszych bramkarzy sezonu 2013/14 i 2014/15.